2012. En la Comisión Europea se ha procedido a la destitución del Comisario de Salud John Dalli. El presidente José Manuel Durão Barroso aduce razones éticas, su hombre habría aceptado sobornos en Malta, aunque la investigación policial se lleva en el mayor de los secretos.
El eurodiputado verde, agricultor y ex portavoz de la Conféderation paysanne, José Bové, asistido por su ayudante Fabrice y la recién llegada becaria Clémence, advierte que hay gato encerrado, y aunque Dalli está lejos de sus posiciones políticas, inicia una investigación, descubriendo una conspiración en la que están implicadas las grandes empresas tabaqueras y que amenaza con desestabilizar las instituciones europeas.
Una cuestión de principios dramatiza la investigación de Bové y su equipo para exculpar a Dalli, durante la cual llegaron a la conclusión de que el informe de la Oficina Antifraude de la UE (OLAF) que acusaba a Dalli fue una trampa de la multinacional sueca Swedish Match, en alianza con otras empresas tabaqueras como Phillip Morris, para provocar la destitución del comisario y retrasar la directiva europea que limitaría su actividad comercial en el territorio de la UE.
La película no muestra la trayectoria de Bové en su lucha contra los grandes intereses de la industria agroalimentaria, la Política Agraria Común (PAC) y los alimentos transgénicos y su apuesta por la soberanía alimentaria. Pero sí desenmascara toda una trama de corrupción de la industria tabacalera y los complejos engranajes de la burocracia política en la Comisión Europea.